Проводится дезинфекция очищенных каналов, и, по мере необходимости, вводятся лекарственные средства. Доктор следит, чтобы сильнодействующие вещества не попали за верхушку корня. Далее проводят внутриканальную ультразвуковую физиотерапию. После того, как воспаление в периодонтите купировано, каналы тщательно пломбируются.